让研究人员准确鉴定基因沉默的影响2017-07-31

研究人员发现，这501个癌细胞系存在769种不同的依赖性，其中许多依赖性是癌症特异的。同时，他们也发现，大部分细胞系也依赖于一小组共同的基因。这表明部分疗法可能适用于广泛的。
研究人员随后利用一组分子特征来开发基于生物标志物的预测模型。这些生物标志物分为四大类：基因突变、基因拷贝数减少或基因表达降低、表达增加，或者在功能或结构上依赖另一个丢失基因。
研究所的研究人员利用相似方法敲除了398个癌细胞系中的7,837个基因。平均而言，每个基因使用了20种不同的RNAi试剂，以便增强结果的可信度，让研究人员准确鉴定基因沉默的影响。
究人员随后开发出一个生物信息学流程来鉴定一些特征，它们让细胞系对某些基因的丢失敏感。这篇文章的通讯作者之一Rob McDonald表示：“我们也许会问‘每个细胞系有哪些共同之处？’如果它们有其他细胞没有的特征，那么你可以建立假说。这些特异可以预测对基因沉默的敏感性，也许有治疗方面的意义。”