PCR可以通过一步法或者两步法完成，两者各有优劣。一步法快速的流程，可以迅速的处理多个样本，并且易于实现自动化。操作步骤的减少提高了不同样本结果的可重复性，并且由于减少了操作，降低了样本被污染的风险。
多重PCR目前面的问题：
1.多重PCR所面对的另外一个挑战是，不同的引物对之间，杂交动力学性质不同。结合效率更高的引物能更充分的利用PCR反应试剂，从而导致其它PCR产物的减少。这通常会导致一些本应该被扩增的产物没有出现。有一些商业化的试剂盒经过特别的设计，可以避免这种情况。
2.PCR通常需要充分优化退火条件，以便对不同的引物–模板系统实现*高效率的扩增。这种类型的PCR经常受到非特异性PCR产物的影响。严格的热启动程序和特别优化的缓冲溶液系统对于成功的多重PCR优良是非常关键的。
多重PCR（multiplex PCR），又称多重引物PCR或复合PCR，它是在同一PCR反应体系里加上二对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应。其反应原理，反应试剂和操作过程与一般PCR相同，但多重PCR在很多应用中有巨大的优势，深受分子诊断领域研究者的喜爱
