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逆转录酶(RT-PCR)实验流程及注意事项2024-07-05

逆转录酶(RT-PCR)是存在于 RNA 病毒体内的依赖 RNA 的 DNA 聚合酶。RT-PCR 实验中的逆转录酶需要具有以下三种活性:

1. 依赖 RNA 的 DNA 聚合酶活性:以 RNA 为模板合成 cDNA 的第一条链;

2. Rnase 水解活性:水解 Rnase 杂合体中的 RNA;

3. 依赖 DNA 的 DNA 聚合酶活性:以一条 DNA 链为模板合成互补的双链 DNA。

在选择逆转录酶时,建议选择无 RNaseH①活性(RNaseH-)的逆转录酶。具有 RNaseH 活性的逆转录酶的 RNaseH 活性会与聚合酶活性竞争 RNA 模板与 DNA 引物(或 cDNA 延伸链)形成的杂合链,并降解杂合链中的 RNA 链。被 RNaseH 活性所降解的 RNA 模板不能再作为合成 cDNA 的有效底物,降低了 cDNA 合成的产量与长度。

一、实验流程:

1、从细胞材料中提取 RNA→RNA 加入到含有逆转录酶、引物、dNTPs 的反应体系中→退火,引物与 RNA 链配对→延伸,逆转录酶合成互补 cDNA 链变性→常规 PCR 反应流程(变性、退火、延伸,如此多次循环)。

2、RT-PCR“两步法"与“一步法"

RT-PCR 的实验操作分为“一步法"与“两步法"两种。一步法 RT-PCR 能克隆微量 mRNA 而不需构建 cDNA 文库(即 cDNA 合成与 PCR 反应在同一 Buffer 及酶中进行,一步法完成),省略了 cDNA 与 PCR 之间的过程。两步法 RT-PCR 首先用反转录酶合成 cDNA,然后以 cDNA 为模板进行 PCR,即 RNA 反转录与 PCR 扩增分两步进行。一步法 RT-PCR 与两步法相比快速、简便、减少了污染机会、减少了 RNA 二级结构、减少了 PCR 反应的错配率。RT-PCR 两步法的优势在于存在中间产物 cDNA,便于保存;且第二步 PCR 只取逆转录反应产物的 1/10 进行反应,有利于 PCR 条件的调整,实验重现性强;两步法可以在第二步 PCR 反应体系中加入特异性引物,其灵敏度比一步法高;两步法的实验预算要低于一步法。但是由于两步法包括第一链 cDNA 合成和随后的 PCR 反应,容易产生污染问题。

二、实验操作注意事项:

1、 RNA 提取一定要迅速,样本要新鲜,组织尽量在液氮中研磨;

2、 RNA 提取完马上进行逆转录不要拖延,新提的 RNA 很容易降解; 

3、逆转录反应过程,需建立无 RNAase 环境,以避免模板 RNA 降解;

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